บทบาทหน้าที่ของสมาคมแพทย์ระบบทางเดินอาหารแห่งประเทศไทย ส่งเสริมวิชาการและการประกอบโรคระบบทางเดินอาหาร ให้แพร่หลายกว้างขวางและถูกต้องตามหลักวิชา ส่งเสริมการวิจัยทางวิชาโรคระบบทางเดินอาหาร สนับสนุนการแลกเปลี่ยนความรู้ และความคิดเห็นในระหว่างสมาชิกด้วยกัน และกับสมาคมสาขาวิชาเดียวกัน และต่างสาขาวิชาการทั้งในและนอกประเทศ สร้างสรรค์และส่งเสริมสามัคคีธรรมและจริยธรรม ช่วยเหลือและร่วมมือกับทางราชการและองค์การต่างๆ ในกิจกรรมที่เกี่ยวข้องกับวิชาการทางโรคระบบทางเดินอาหาร เผยแพร่ความรู้ทางวิชาโรคระบบทางเดินอาหารให้แก่ประชาชน